孔雀明王的法门，对于护国息灾、祈雨、除病、延寿、安产等世间利益、都极有效验，当然最重要的，还是以此尊作为出世间的修行依怙，使我们能圆满智慧、慈悲的菩提，速成无上的佛果。
孔雀明王最究竟的密义：【应是我们清净的自性。即是孔雀明王自身。】我们清净的自性，能够怯除我们心念中的贪、瞋、痴、慢、疑等各种毒害，使我们心念完全清净，让我们的智慧慈悲菩提圆满，具足一切敬爱、调伏、增益、息灾的妙用。也能广大圆成，帮助所有众生圆满愿望，得到幸福光明，并证得无上的佛果。
如果能够如此体会孔雀明王的密义，并发掘内在我们清净自性的孔雀明王，则我们不只能够得到孔雀明王的慈悲护持，使我们的家庭、事业，如意圆满，而最光明无上的吉祥胜果，也会迅疾的获得了。